继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：雅各布·艾洛蒂 塞伦·希德 奥黛莎·杨 奥利维亚·德容格 笠松将 托马斯·韦瑟罗尔 西蒙·贝克 山口英胜 Jack McGreal Joel Aaron Baker Max Berkman Callum Pritchard Luca Timpano Bilbatua 高山安倍 威廉·罗德 克里斯蒂安·拜尔斯 Caelan McCarthy Fabian McCallum Reagan Mannix 萨姆·帕尔森森 Eduard Geyl 希瑟·米切尔
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演员：萨曼莎·邦德 乔·玛蒂娜 卡拉·霍根 娜塔丽·朱 丽塔·塔欣厄姆 Sophia Ally 伊恩·巴里特 Niall Costigan 霍莉·登普西 马克·福斯特 Molly Hanson 朱丽叶·霍兰德 Teagan Imani 艾拉·基尼昂 Phill Langhorne 丹尼尔·莱派恩 里希·奈尔 Amelia Valentina Pankhania Phillipa Peak Ethan Quinn
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演员：罗宾·怀特 奥利维亚·库克 劳里·戴维森 瓦利德·祖伊特 弗朗西斯卡·科尼 西蒙·米考克 安娜·钱斯勒 里奥·苏特 本·威金斯 坦娅·穆迪 莎罗姆·布龙-富兰克 罗伯特·卡瓦纳奇 Karen Henthorn 内森·霍尔 Clara Indrani 杰克·威尔金森 Demelza O'Sullivan Lena Bayón 海伦·高普 Akshay Shah
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